海關對保稅加工貨物的監管模式有兩大類，一類是物理圍網的監管模式，包括出口加工區和跨境工業區；另一類是非物理圍網的監管模式，采用紙質手冊管理或計算機聯網監管。

一、物理圍網監管

所謂物理圍網監管，是指經國家批準，在關境內或關境線上劃出一塊地方，采用物理圍網，讓企業在圍網內專門從事保稅加工業務，由海關進行封閉的監管。在境內的保稅加工封閉式監管模式為出口加工區，已經施行了多年，有一套完整的監管制度；在關境線上的保稅加工封閉式監管模式為跨境工業區，目前只有一處，即珠澳跨境工業區，分澳門園區和珠海園區兩部分，在澳門特別行政區的部分是澳門園區，在珠海經濟特區的部分是珠海園區。

二、非物理圍網

非物理圍網的監管模式主要有以下兩種：

1、紙質手冊管理

這是一種傳統的監管方式，主要是用加工貿易紙質登記手冊進行加工貿易合同內容的備案，憑以進出口，并記錄進口料件出口成品的實際情況，最終憑以辦理核銷結案手續。這種監管方式在海關對保稅加工貨物監管中曾經起過相當大的作用，但隨著對外貿易和現代科技的調整發展，將逐漸被聯網監管模式所替代。目前尚在一定的范圍內使用。

2、計算機聯網監管

計算機聯網監管是一種高科技的監管方式，主要是應用計算機手段實現海關對加工貿易企業實施聯網監管，建立電子賬冊或電子手冊，備案、進口、出口、核銷，全部通過計算機進行。海關管理科學嚴密，企業通關便捷高效，受到普遍歡迎，將成為海關對保稅加工貨物監管的主要模式。這種監管方式以分為兩種，一種是針對大型企業的，以建立電子賬冊為主要標志，以企業為單元進行管理，不再執行銀行“保證金臺賬”制度，已經實施了多年，形成了完整的監管制度；另一種是針對中小企業的，以建立電子手冊為主要標志，繼續以合同為單位，執行銀行“保證金臺賬”制度，現在已開始施行，今后將逐漸取代紙質手冊管理。