1、保稅物流園區與境外之間進出貨物報關

海關對園區和境外之間進出貨物，實行“備案制管理”，適用進出境備案清單。

(1)境外進入園區：不實行許可證件管理

(2)園區運往境外：從園區運往境外的貨物，免征出口關稅，不實行許可證件管理。

2、保稅物流園區與境內區外之間進出貨物報關

(1)園區貨物運往區外，視同進口。

※供區內行政管理機構及其經營主體和區內企業使用的機器、設備和辦公用品等需要運往區外進行檢測、維修的，應當向園區主管海關提出申請，經主管海關核準、登記后可以運往區外。并自運出之日起60天內運進區內。特殊情況不能如期運回，應當于期滿前10日內向主管海關申請延期，延長期限不得超過30天。

(2)區外貨物運入園區，視同出口。

※除已經流通性簡單加工的貨物外，區外進入園區的貨物，因質量、規格型號和合同不符等原因，應當在貨物申報進入園區之日起1年內向園區主管海關申請辦理退換手續。

(3)保稅物流園與其他特殊監管區域、保稅監管場所之間往來貨物。